آقای حسن خمینی همانند بسیاری دیگر از نوه‌ها و بازماندگان خمینی در انتخابات اخیر ریاست جمهوری از آقای میرحسین موسوی حمایت کرد و پس از انتخابات نیز همچنان موضعی کم و بیش اعتراضی در پیش گرفت. حسن خمینی به بهانه سفر به پاکستان در مراسم تحلیف و تنفیذ محمود احمدی نژاد نیز حاضر نشد. با بالا گرفتن اعتراضات مردمی به تقلب در انتخابات و زندانی شدن فعالان سیاسی، حسن خمینی ضمن پرهیز از اظهارنظر آشکار درباره رویدادهای سیاسی به دیدار خانواده‌های تنی چند از زندانیان رفت و به این ترتیب ناخشنودی خود را از سیاست‌های خامنه‌ای، سپاه و احمدی‌نژاد نشان داد.
در رویداد دیگری، حسن خمینی پس از استقبال از محمود احمدی‌نژاد و هیأت دولت که به مناسب آغاز دهه فجر در مدفن پدربزرگ وی حاضر شده بودند، در اقدامی نمادین مراسم را ترک کرد و به دیدار خانواده علیرضا بهشتی که در آنزمان در زندان بود شتافت. حسین شریعتمداری نماینده خامنه‌ای در روزنامه کیهان در واکنش به این اقدام حسن خمینی در سرمقاله روز دوشنبه ۱۹ بهمن ۱۳۸۸ این روزنامه با تکرار اتهاماتی همچون جاسوسی و محاربه به معترضان به نتیجه انتخابات نوشت: "متاسفانه، طی چند ماه اخیر و به گواهی اخبار رسماً منتشر شده، جناب سید حسن خمینی با برخی از عوامل اصلی فتنه پس از آزادی موقت آنها، دیدار صمیمانه و دلجویانه داشته‌اند". حسين شريعتمداری یک بار دیگر در شماره ۲۳ اسفند ۱۳۸۸ کیهان نیز آسمان و ریسمان را به هم بافت و از "حمایت آشکار و ملاقات‌های" حسن خمینی با "سران و عوامل فتنه بعد از آزادی آنها از زندان" انتقاد کرده است.
هر چند برخی شایعات حکایت از آن دارد که سعید امامی به دستور مصباح یزدی و خامنه‌ای ترتیب قتل احمد خمینی را داده اما از آن پس، هم آندسته از بازماندگان خمینی که از اظهار نظر آشکار درباره مسائل سیاسی روز خودداری کرده‌اند و هم آنانی که نارضائی خود را از آنچه در ایران روی می‌دهد بیان داشته‌اند، پیوسته از یک حاشیه نسبی امنیت و از مصونیت قضائی برخوردار بوده‌اند. سید حسین خمینی فرزند مصطفی خمینی و نوه ارشد خمینی به دلیل جانبداری از بنی صدر و مخالفت با جریان‌های حزب اللهی مشهور شد تا جایی که خمینی در نامه‌ای که در "صحیفه امام" نیز موجود است دخالت وی در سیاست را شرعاً حرام دانست. اگر چه حسین خمینی پس از آن مدتی از موضعگیری آشکار درباره مسائل سیاسی خودداری کرد اما پس از سقوط صدام حسین مدتی در عراق سکونت گزید و سپس به آمریکا سفر کرد، با پاره‌ای از مخالفان جمهوری اسلامی دیدار کرد و خواهان برچیدن جمهوری اسلامی شد. وی سپس آزادانه به ایران بازگشت و در قم سکونت گزید. در آنزمان گفته شد که خانم خدیجه ثقفی مادر بزرگ وی و همسر روح‌‌الله خمینی مقامات جمهوری اسلامی را از هرگونه برخورد با حسین خمینی برحذر داشته بود. چه بسا با درگذشت خانم خدیجه ثقفی اکنون راه برای خامنه‌ای و سپاه هموارتر شده است تا به بهانه "تأمین امنیت" هشدارهای واضح‌تری به حسن خمینی یا نوه‌های پرجرأت‌تر خمینی مانند خانم زهرا اشراقی و حسین خمینی بدهند. بایستی اشاره شود که به گزارش پارلمان‌نیوز زهرا اشراقی در مسیر راهپیمایی ۲۲ بهمن بازداشت شد. این بار نیروهای امنیتی به بهانه نبود امنیت برای این شخص وی را بازداشت کردند!
"شاخص" نام یک برنامه تلویزیونی بود که صدا و سیمای جمهوری اسلامی اخیراً به مناسبت سالگرد پیروزی انقلاب و با استناد به سخنان خمینی تهیه کرده بود. پخش این برنامه اعتراض نزدیکان خمینی از جمله حسن خمینی را در پی داشت و یک بار دیگر شکاف موجود بین دسته‌های گوناگونی که داعیه هواداری از خمینی دارند را آشکار کرد. حسن خمینی پس از پخش چند قسمت از این برنامه در نامه‌ای خطاب به عزت‌الله ضرغامی، رئیس صدا و سیمای جمهوری اسلامی، به "غیر صادقانه" و "تحریف آمیز" بودن این برنامه اعتراض کرد. حسن خمینی در این نامه که در سایت کلمه منتشر شد، به "شخصیت دست‌ساخته صداوسیما" از پدربزرگش خمینی انتقاد و از "بزرگ‌نمایی غلط و تحریف گونه قضایای گذشته" و "مشابه‌سازی تاریخی نادرست" ابراز تاسف کرد.
حسن خمینی در نامه‌اش به عزت‌الله ضرغامی گله می‌کند که "هزاران هزار جلوه رحمت و محبت" پدر بزرگ وی نادیده گرفته شده است. وی می‌نویسد: "بدون اشاره به شرایط زمانی خاص به بزرگ نمایی غلط و تحریف گونه قضایای گذشته همت گماشته‌اند و به غلط درصدد مشابه‌سازی تاریخی هستند." حسن خمینی به صدا و سیما توصیه می‌کند: "اگر حقیقتا به دنبال شناخت واقعی امام هستید، باید از یاران نزدیک امام دعوت نمایید تا هم شأن نزول سخنان پخش شده را بیان نمایند و هم ناگفته‌های زندگی امام را بیان کنند". عزت‌الله ضرغامی رئیس صدا و سیمای جمهوری اسلامی که از سوی علی خامنه‌ای گمارده شده است نیز در نامه‌ای به دفاع از برنامه "شاخص" پرداخت و اتهاماتی را متوجه حسن خمینی کرد. ضرغامی در این نامه با اشاره به سکوت حسن خمینی در جریانات پس از انتخابات، انتقادات شدیدی را متوجه وی نمود.
آقای حسن خمینی در سال‌های نخستین روی کار آمدن پدربزرگش کودک خردسالی بود، اما وی که اکنون در "مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی" مسئولیت گردآوری و نشر آثار پدربزرگش را برعهده دارد و با برخی از اطرافیان پدربزرگش نیز معاشرت دارد، بایستی بداند که بسیاری از یاران نزدیک پدربزرگش خمینی، از جمله مهدی بازرگان، ابوالحسن بنی صدر، صادق قطب زاده، ابراهیم یزدی و آیت‌الله منتظری در زمان حیات خود وی طرد و حذف شدند. اگر چه حسن خمینی در اوائل انقلاب کودک خردسالی بوده است اما بایستی بداند که بیدرنگ پس از روی کار آمدن جمهوری اسلامی، به دستور مستقیم پدربزرگ وی یا همان منشاء "هزاران هزار جلوه رحمت و محبت" صدها تن از کارمندان و افسران رژیم شاهنشاهی با حکم دادگاه‌های چند دقیقه‌ای تیرباران شدند. بدیهی است که آن اعدام‌های گسترده را نمی‌توان به حساب آشفتگی‌های پس از انقلاب گذارد. همان منشاء "هزاران هزار جلوه رحمت و محبت" سپس فرمان قلع و قمع خونین در کردستان، ترکمنستان و خوزستان را داد. صادق خلخالی، اسدالله لاجوردی و دیگر حاکمان شرع با دستور و حمایت مستقیم پدربزرگ آقای حسن خمینی، هزاران دگراندیش ایرانی اعم از سلطنت‌طلب، کمونیست، ملی گرا، مجاهد خلق، بهائی و حتی مسلمان شیعه و سنی را تیرباران کردند.
بهتر است حسن خمینی برای درک دقیق ابعاد "رحمت و محبت" پدربزرگش به سخنرانی وی در حضور نمایندگان مجلس در سال ۱۳۶۰ به مناسبت تولد پیامبر مسلمانان مراجعه کند. وی در این سخنرانی به لزوم کشتن "همه مخالفان" اشاره می‌کند. خمینی در این سخنرانی از جمله گفت: "یک عده‌ای آمدند و هی به من گفتند که سازمان‌هائی و آنهائی که دستشان به خون آلوده نیست را نکشیم و عفو کنیم و آزاد کنیم و ما اشتباه کردیم و گوش دادیم و عده‌ای که در دست ما بودند را رها کردیم و حال وضع ما این شد. باید همه این گروه‌ها را خفه کنیم و با شدت عمل کنیم". اگر حسن خمینی آثار پدربزرگش را به دقت نخوانده است می‌تواند دستکم به کتاب خاطرات صادق خلخالی حاکم شرع دادگاه‌های انقلاب مراجعه کند. خلخالی در این کتاب آشکارا ذکر کرده است که "همه اعدام‌ها به دستور مستقیم آیت‌الله خمینی صورت گرفت". آقای منتظری نیز در کتاب خاطرات خود (جلد اول) با صراحت به نقش خمینی در اعدام‌های سال ۱۳۶۷ اشاره دارد.
بایستی به آقای حسن خمینی یادآور شد که البته در بین یاران پدربزرگ وی افراد پاک و آزاده‌ای نیز بوده‌اند که شاید مستقیماً در کشت و کشتارها، اختلاس‌ها و زدوبندهای گوناگون دخالتی نداشته‌اند و یا نقش کمرنگتری داشته‌اند. آقایان میرحسین موسوی و مهدی کروبی و پاره‌ای از فعالان سیاسی که اکنون در جبهه اصلاح طلبان هستند در این زمره‌اند، اما وی که سخنرانی‌ها و نوشته‌های پدربزرگش را گردآوری و منتشر کرده، بایستی بداند که پدر بزرگ وی حتی انسان‌های پاک و مؤمنی که به جمهوری اسلامی باور داشتند را نیز آلوده به خشونت‌ورزی و انحصارطلبی کرد و آنان را به مشارکت در پایه گذاری رژیمی زورگو و فاسد سوق داد که اکنون حتی حسن خمینی نیز به ابعاد عدم حقانیت و ضدمردمی بودن آن پی برده است.
بدیهی است که این از جمله به علت عدم رشد تاریخی جامعه ما و فقر فرهنگی ما ایرانیان بود که آنهمه اختیارات و قدرت سیاسی در دست یک فرد، یعنی پدربزرگ حسن خمینی متمرکز شد، اما عقب ماندگی و فقر فرهنگی ما ایرانیان از عقب ماندگی و فقر فرهنگی مردم هند یا آفریقای جنوبی چندان بیشتر نیست، بلکه یک تفاوت عمده ایران با هند و آفریقای جنوبی در آنست که پدربزرگ حسن خمینی از اعتماد مردم سوء استفاده کرد و ایران را به تباهی کشاند در صورتی که مهاتما گاندی و نلسون ماندلا با بهره برداری از اعتماد مردم، دمکراسی را در کشورشان بنیان نهادند تا مردم کشورشان از آزادی و رفاه روزافزون برخوردار شوند.
پدربزرگ حسن خمینی خشت اول را کج نهاد و همه پرسی انحصارطلبانه و بیعت گونه‌ای تحت عنوان "جمهوری اسلامی نه یک کلمه کم و نه یک کلمه زیاد" را به مردم تحمیل کرد. قانون اساسی جمهوری اسلامی که با رهنمودهای مستقیم پدربزرگ حسن خمینی پدید آمد، ملغمه‌ای شد پر از تناقضات و اعوجاجات و سدی در برابر آزادی و دمکراسی در ایران. پدربزرگ حسن خمینی مدت کوتاهی پس از در دست گرفتن قدرت، مشارکت نیروهای سیاسی دگراندیش در انقلاب را کلاً انکار کرد و کوشش کرد تا با لطائف الحیل همه قدرت را در دست خود متمرکز کند. وی سپس رقبای سیاسی خود و گروه‌های اپوزیسیون را نیز در تصفیه‌های خشونتبار از میدان بدر کرد. سودای سیاه صدور انقلاب اسلامی به عراق و دیگر کشورهای اسلامی که پدربزرگ حسن خمینی در سر می‌پروراند، باعث تحریک مجنون خونخواری چون صدام حسین شد که سپس به ایران حمله نظامی کرد. پدربزرگ حسن خمینی جنگ جانمانسوزی را که به ویرانی ایران و کشته و مجروح شدن صدها هزار ایرانی منجر شد، یک "نعمت الهی" نامید. وی سپس با پافشاری بر ادامه جنگ، هزاران جوان ایرانی را به کشتن داد.
آقای حسن خمینی نمی‌تواند نادیده بگیرد که پدربزرگش با گروگانگیری کارکنان سفارت آمریکا، ایران را دچار انزوای سیاسی کرد و آسیب‌های جبران ناپذیری به ایران تحمیل کرد. انقلاب فرهنگی که پدربزرگ وی بیرق آنرا برافراشت به تعطیلی دانشگاه‌ها، پاکسازی هزاران تن از استادان فرهیخه دانشگاه‌ها و اخراج دهها هزاران تن از دانشجویان دگراندیش منجر شد. با پاکسازی کارشناسان و کاردانان از ادارات و سازمان‌های دولتی و غیر دولتی راه برای ورود آقازاده‌ها، دامادها و مداحان باز شد. در دوره‌ای که مهدی بازرگان در اندیشه تعامل بود و ابوالحسن بنی‌صدر از "بحث آزاد" سخن می‌گفت، پدربزرگ حسن خمینی با گفتن "من آیندگان نمی‌خوانم" دستور بستن روزنامه‌های غیرخودی و سرکوب روزنامه‌نگاران را صادر کرد و آزادی مطبوعات که یکی از بزرگترین دستاوردهای انقلاب بود را پایمال کرد. پدربزرگ حسن خمینی با براه‌انداختن دسته‌های لباس شخصی حزب‌اللهی روزنامه‌ها را بست، احزاب و گروه‌های سیاسی را یکی پس از دیگری سرکوب کرد و بسیاری از رهبران و اعضای آنها را اعدام یا زندانی کرد. به این ترتیب سنت‌های شعبان بی مخی از خواب بیست و پنج ساله بیدار شدند و اینبار رنگ اسلام و نام حزب الله و سپس انصار حزب الله به خود گرفتند. نخستین لباس شخصی‌هائی که پس از انقلاب به راه افتادند و به دفاتر روزنامه‌ها و احزاب یورش بردند با شعار "حزب فقط حزب الله، رهبر فقط روح الله" آن دفاتر را غارت کردند.
تحمیل حجاب اجباری به زنان و دختران ایرانی، نهادینه کردن تبعیض علیه دگراندیشان، به قهقرا بردن دستگاه دادگستری، انحصار رادیو، تلویزیون و دیگر رسانه‌ها، تقلا در راستای انکار و نابودی موسیقی، هنر، فرهنگ و سنت‌های ایرانی و در عوض رواج خرافات شیعی، ایجاد صنعت نمازجمعه و تظاهرات دولتی، فتوای قتل سلمان رشدی و حمایت از گروهک‌های تروریستی در کشورهای دور و نزدیک از دیگر جلوه‌های "رحمت و محبت" پدربزرگ آقای حسن خمینی است. تورم سرسام آور، به زانودرآوردن اقتصاد، صنعت، کشاورزی، گردشگری و نیز نابودی محیط زیست از دیگر دستآوردهای اجتناب ناپذیر نظامی است که پدربزرگ آقای حسن خمینی بنیاد آنرا نهاد. پدربزرگ حسن خمینی وعده آزادی، رفاه و معنویات را داد اما سیاست‌های وی به رواج ریا، فساد، فحشا و اعتیاد گسترده انجامید. پدربزرگ حسن خمینی نه تنها از رواج کیش شخصیت و گسترش فرهنگ تملق و مداحی پیشگیری نکرد، بلکه عادت زیانبار "پیروی از مردان بزرگ" و "پیامبران دروغین" را ترغیب و تثبیت کرد.
شایسته است که حسن خمینی به نمونه چین، هند، آفریقای جنوبی، ترکیه، کره جنوبی، برزیل، اندونزی، مالزی و همسایه‌های عرب ما در کرانه‌های جنوبی خلیج فارس نگاه کند. رهبران این کشورها فارغ از توهمات بیمارگونه صدور ایدئولوژی به کشورهای دیگر یا رویای فتح جهان و دیگر شعارهای بیمارگونه، خردمندانه عمل کرده‌اند و کشورهای خود را در مسیر پیشرفت رهبری کرده‌اند. پدربزرگ حسن خمینی اما، فرهنگ مرگ، گریه، کینه، مداحی، تبعیض و جاسوسی را رواج داد. بایستی به آقای حسن خمینی یادآوری کرد که پدربزرگ ایشان مرد قدرت طلب و زیرکی بود که هرگز قدرت و ذکاوت خود را برای اعتلای کشور و رفاه مردم به کار نبرد و هرگز منشاء "هزاران هزار جلوه رحمت و محبت" نبود!
پرداختن به آنچه که امروز در ایران روی می‌دهد بدون توجه به بنیادهای نظامی که پدربزرگ حسن خمینی خشت نخست آنرا نهاد میسر نیست. جنایت‌هائی که امروز در خیابان‌ها و زندان‌های جمهوری اسلامی روی می‌دهد ادامه شکنجه‌ها، تجاوزها، اعترافگیری‌ها و اعدام‌هائی است که در سی و یک سال اخیر و از نخستین روزهای روی کار آمدن پدربزرگ حسن خمینی در ایران روی داده است. پاره‌ای از اصلاح طلبان پیوسته کوشش داشته‌اند با تمسک به نام "امام خمینی" حاشیه امنی برای خود فراهم آورند اما گویا در این میان امر درباره "رحمت و محبت" پدربزرگ بر آقای حسن خمینی مشتبه شده است. از اینرو بایستی به آقای حسن خمینی گفت: از خواب بیدار شوید! شما نوه مردی هستید که کینه و خشونت شرعی را به میان مردم آورد، صدها هزار خانواده را داغدار و میلیون‌ها ایرانی را آواره غربت کرد. آقای حسن خمینی! شما نوه نلسون ماندلا نیستید! شما نوه مردی هستید که تنها در سال ۱۳۶۷ با یک دستخط ساده فرمان قتل هزاران زندانی سیاسی را صادر کرد و به دست پدر شما داد.
